Sớm nhìn ra vẻ đẹp của Lục Thủy, năm 1056, vua Lý Thánh Tông đã cho xây chùa bên hồ, đặt tên là Sùng Khánh (khu vực Nhà thờ Lớn hiện nay). Năm 1057, lại xây tháp Đại Thắng Tư Thiên (còn gọi là Báo Thiên tháp) nên chùa cũng có tên là Báo Thiên. Thời Lý, bao quanh Thăng Long là các con đê thấp nên những năm có lũ lớn, nước sông Hồng, sông Tô Lịch tràn cả vào khu vực Hoàng thành, gây úng ngập. Có năm lũ lớn, dân chúng phải đi lại bằng thuyền. Đến đầu đời Trần, vua Trần Thái Tông cho đắp đê trên các con sông.
Sách Đại Việt sử ký toàn thư chép: “Tháng 3 (1248), lệnh các lộ đắp đê phòng lụt, gọi là đê quai vạc, từ đầu nguồn đến bờ biển để ngăn nước lũ tràn ngập... Chỗ đắp đo xem mất bao nhiêu ruộng đất của dân, theo giá trả lại tiền. Đắp đê quai vạc bắt đầu từ đó”.
Con đê bao quanh thành Thăng Long bắt đầu từ Hàng Than qua Hàng Đường, Hàng Ngang, Hàng Đào, xuống Bà Triệu rồi quặt phải theo phố Nguyễn Du ngày nay. Vì thế, hồ Lục Thủy nằm ngoài đê. Dấu tích của đê chính là phố Hàng Trống và dốc Báo Khánh là triền đê xuống hồ. Đến đời Lê, để mở rộng kinh thành về phía đông, vua cho đắp đê mới tương ứng với phố Nguyễn Hữu Huân, Lý Thái Tổ ngày nay, nên hồ Lục Thủy lại nằm trong đê. Sau này lại đắp đê mới nên hồ ngày càng xa đê.
Ảnh minh họa nguồn internet
Thời Lê Trung hưng (1533 - 1789), vua Lê chỉ là bù nhìn, quyền hành nằm trong tay các chúa. Năm 1599, chúa Trịnh Tùng cho xây Vương phủ ở phía nam kinh thành. Nhiều năm tiếp theo, Vương phủ liên tục được mở rộng (tương ứng với đoạn đầu phố Tràng Thi, đầu phố Quang Trung, khúc giữa Lý Thường Kiệt và đoạn đầu phố Bà Triệu hiện nay). Cùng với đó, các chúa lấp phía đông hồ Lục Thủy để xây lầu Ngũ Long (khu vực Bưu điện Hà Nội ngày nay). Để có đường cưỡi voi sang lầu Ngũ Long, nhà chúa cho ngăn hồ Lục Thủy làm hai, nửa trên gọi là Tả Vọng (Hồ Gươm), nửa dưới gọi là Hữu Vọng (hồ Thủy Quân). Hồ Hữu Vọng theo thời gian đã bị lấp dần.
Đến đời Vĩnh Hựu (1735 - 1740), chúa Trịnh Giang cho xây cung Khánh Thụy ở đảo phía bắc Tả Vọng (nay là đền Ngọc Sơn). Trên bờ gần cung đắp hai hòn núi giả gọi là Đào Tái và Ngọc Bội. Trên đảo nhỏ ở phía nam (tháp Rùa ngày nay) xây Tả Vọng đình để lấy chỗ vui chơi, câu cá. Vào những ngày đẹp trời, đoàn thuyền của nhà chúa dạo quanh Tả Vọng, theo sau là thuyền của các quan và gia nhân. Sau khi dạo thuyền, nhà chúa lên Tả Vọng đình buông cần câu cá, tiệc tùng đến khuya. Tiếng đàn rộn ràng cả góc hồ, dân chúng xung quanh đổ ra xem.
Năm 1786, vua Lê Hiển Tông chết, truyền ngôi cho cháu là Lê Duy Khiêm (tức Lê Chiêu Thống). Hai năm sau khi lên ngôi, Lê Chiêu Thống cho phá hết đền đài. Cung Khánh Thụy chỉ còn là đảo hoang, phủ chúa bị quân Thanh phóng hỏa đốt. Khi Nguyễn Ánh đánh bại nhà Tây Sơn và lên ngôi năm 1802, sau đó chuyển kinh đô vào Huế, Thăng Long bị hạ cấp xuống trấn, đến đời vua Minh Mạng bị hạ tiếp xuống thành tỉnh Hà Nội và Tả Vọng bị lãng quên. Dân các làng quanh hồ là Yên Trường, Vũ Thạch, Yên Trung, Tự Tháp, Phúc Tô, Báo Khánh... ào xuống sát hồ chiếm đất làm nhà. Trên cung Khánh Thụy có người đã xây một ngôi chùa nhỏ.
Năm 1865, nhà nho Nguyễn Văn Siêu cho cải tạo ngôi chùa trên đảo Ngọc Sơn, thờ Văn Xương đế quân và Trần Hưng Đạo. Hồ Gươm đã đi vào ca dao: “Khen ai khéo họa dư đồ/ Trước sông Nhị Thủy sau hồ Hoàn Gươm”. Nguyễn Văn Siêu bật lên cảm xúc: “Nhất trản trung phù địa/ Trường lưu đảo tải thiên/ Ngư châu xuân tống khách/ Hồi trạo túc hoa thiên” (Một chén giữa lòng đất nổi/ Nước dài chở lật trời/ Thuyền câu ngày xuân đưa khách/ Quay chèo về ngủ bên hoa).
Theo truyền thuyết, gò Rùa là đất “vạn đại công khanh”, nhà nào để được hài cốt vào đó thì con cháu muôn đời làm quan. Chính vì thế, Nguyễn Hữu Kim (thường gọi là Bá Kim, 1832 - 1901), khi đó là hào mục của thôn Cựu Lâu (nay là khu vực phố Hàng Khay, Hai Bà Trưng và đầu phố Bà Triệu) đã “lo lót” Kinh lược sứ và cả viên quan Pháp chỉ huy đội quân đóng ở Đồn Thủy để xây tháp làm “hậu chẩm” cho chùa Bái Ân. Tháp Rùa được xây khoảng năm 1877. Tuy nhiên, chuyện Nguyễn Hữu Kim xây tháp Rùa cần tìm hiểu thêm vì còn nhiều nghi vấn.
Truyền thuyết Lê Lợi trả kiếm cho thần Kim Quy ở hồ Tả Vọng không thể xác định ra đời khi nào. Và cũng rất khó để biết dân chúng gọi Tả Vọng là hồ Hoàn Kiếm từ bao giờ, nhưng cái tên này xuất hiện trên Hoài Đức phủ toàn đồ vẽ năm 1831. Sau này, các bản đồ do người Pháp vẽ cũng chú thích là hồ Hoàn Kiếm.